Ça y est, cette fois-ci, Kojima va réellement poser les bases de Metal Gear et du reste de la saga, puisqu'il sera désormais possible de ramper, faire du bruit pour attirer les gardes, utiliser de nouvelles armes, utiliser de façon intelligente sa radio et se référer à son radar afin d'avoir la visibilité sur le déplacement des ennemis, qui sont beaucoup plus intelligents et moins aveugles - vous poursuivant même sur plusieurs tableaux. Le jeu vous forcera aussi à réfléchir comme dans un point'n click sur l'utilisation des objets, comme les cigarettes vous permettant de voir la direction du vent. Metal Gear 2 est muni d'un vrai scénario où le manichéisme y est le moins présent possible, forçant le joueur à se remettre en question, et c'est aussi dans cet épisode que Kojima va commencer ses petites expérimentations, demandant au joueur de regarder derrière la boite ou dans le manuel du jeu afin de résoudre des énigmes. Et que dire de cette fin où pour sauver le monde, il faut insérer une cartouche d'un certain Dr Kio Marv (anagramme de VRAM 01K), capacité de la cartouche MG2, renvoyant le joueur à son statut de joueur allumant sa console.