Dans ce Shinobi, on incarne Jiro Musashi, qui n'est autre que le père de Joe, héros des premiers épisodes. Le jeu commence en 1256 au Japon, où le village du clan Oboro se fait attaquer par des ninjas Zeed. Jiro part donc à leur recherche, et sera aspiré dans un vortex qui l’amènera dans le futur où les Zeed font des expériences génétiques et essayent de conquérir le monde. On retrouve enfin la série culte que l'on aimait sur Megadrive, avec un challenge très élevé. Car oui, le jeu est très difficile : des projectiles arrivent de partout, et les ennemis sont là où on ne les attend pas. Pour les éliminer, vous avez un katana pour le combat rapproché, des kunais, ainsi que différents pouvoirs magiques à sélectionner sur l’écran du bas de la 3DS. On peut aussi parer, mais attention à ne pas faire de garde prolongée : à vous d'avoir le bon timing quand un projectile arrive sur vous ou si un ennemi vous attaque. Graphiquement assez sobre mais joli, l'histoire est racontée par des scénettes animées entre les niveaux. Dommage que celles-ci ne soient pas très explicites. Un très bon retour de Shinobi dans ce jeu, avec quelques petits clins d’œil aux anciens jeux (avec cheval, surf...).