Introduit dans la série Megaman X, Zero est très rapidement devenu un personnage central, au point d'avoir dorénavant sa propre série. L’histoire se situe 100 ans après la défaite de Sigma, en pleine guerre entre clans robots rivaux. Réveillé par la faction rebelle, Zero prend fait et cause pour cette dernière, et se retrouve à devoir affronter son ancien camarade X. Le jeu semble beaucoup innover, en mélangeant des éléments de RPG et d’action. Outre un système d'expérience pour les armes, Zero doit retrouver des cyber-elfes, qui peuvent l'aider au cours de son aventure, ou se changer en upgrades. Hélas il y a un prix (des cristaux à collecter) et il est très cher. Pour profiter de bons upgrades, indispensables pour faire face à la difficulté élevée du jeu, il faudra donc passer un peu trop de temps à collecter des cristaux, ce qui casse le rythme. Malgré ce défaut, Megaman Zero parvient à créer un nouvel univers post-apocalyptique intéressant – dans lequel une incarnation de Megaman tient pour la première fois le mauvais rôle – et apporte de nouvelles mécaniques de jeu, dans la continuité de la série X.